Al desembre de 2003, l’empresari castellonenc i gerent de l’empresa de productes fitosanitaris Naranjax, Vicente Vilar, va presentar dues querelles contra Fabra per suposats delictes contra la salut i la propietat industrial, en les quals afirmava que es va manipular documentació per a aconseguir autoritzacions dels Ministeris.
Eixes querelles van ser rebutjades, però la titular del jutjat número 1 de Nules va obrir d’ofici, al gener de 2004, un nou procediment per indicis racionals de delictes contra l’administració pública, la instrucció de la qual es perllongaria durant una dècada, en què van passar pel jutjat nou jutges i quatre fiscals.
A mitjan 2005, l’Agència Tributària va presentar una denúncia contra Fabra per un presumpte delicte fiscal, que va donar lloc a una recerca dels comptes bancaris i el patrimoni de tota la família que amb el temps va permetre descobrir que Fabra i la seua esposa van ocultar prop d’un milió i mig d’euros sense declarar entre 1999 i 2004.
També en 2005, el Jutjat número 2 de Nules va obrir diligències de recerca després d’una altra denúncia de Vilar per una suposada falsificació de segells en els documents d’uns productes fitosanitaris.
En 2008, el Tribunal Suprem va desestimar el recurs de cassació presentat per Fabra contra la recerca judicial sobre el seu patrimoni, mentre que al maig de 2009 el Jutjat d’instrucció número 2 de Nules va incoar procediment contra Fabra per possible falsificació de documents per a obtenir autoritzacions comercials.
Al maig de 2010, l’Audiència de Castelló va acordar el sobreseïment provisional de la causa contra Fabra per falsedat documental.
Un mes després, el Jutjat número 1 de Nules va transformar les diligències contra Fabra en procediment per a judici, en entendre que els fets presumptament comesos per ell i la seua dona serien constitutius de suborn, tràfic d’influències i contra la hisenda pública.
A la fi de 2010, l’Audiència Provincial de Castelló va denegar que Fabra fóra jutjat per un tribunal, i va acordar sobreseure la causa contra ell i la seua dona per quatre dels cinc delictes fiscals entre 2000 i 2003 investigats en el jutjat 1 de Nules, per entendre que havien prescrit.
No obstant açò, al desembre de 2011 el Tribunal Suprem va revocar la decisió de l’Audiència provincial i va ordenar reobrir la causa per cinc delictes fiscals.
Al desembre de 2012, el jutjat número 1 de Nules va donar per conclosa la instrucció i un mes després va obrir judici oral per suborn, tràfic d’influències i frau fiscal contra Fabra, la seua exdona (Amparo Fernández), l’empresari Vilar i la seua exdona (Montserrat Vives).
Finalment, el 2 d’octubre passat va començar a l’audiència provincial de Castelló el judici pels delictes de tràfic d’influències, suborn i frau fiscal, que va quedar vist per a sentència el 30 d’octubre després de la declaració de mig centenar de testimonis.
